Przez cały czas trwania Małopolskiej Nocy Naukowców uczestnicy będą mogli samodzielnie zwiedzać wystawę Pradzieje i średniowiecze Małopolski. Ekspozycja prezentuje najważniejsze etapy rozwoju społeczności zamieszkujących obszar dzisiejszej Małopolski – od najdawniejszych śladów obecności człowieka po okres średniowiecza. Indywidualna forma zwiedzania pozwoli każdemu uczestnikowi zdecydować o tempie i zakresie wizyty.
Dostępna będzie również wystawa czasowa O potrzebie robót archeologicznych w Prusach Zachodnich… Dziedzictwo Gotfryda Ossowskiego na Pomorzu Nadwiślańskim w 150. rocznicę rozpoczęcia prac terenowych, poświęcona jednemu z pionierów polskiej archeologii, jego badaniom oraz ich znaczeniu dla poznania przeszłości Pomorza i rozwoju archeologii. Na ekspozycji prezentowane są m.in. archiwalne fotografie i dokumenty, a także oryginalne zabytki pochodzące z prowadzonych przez niego badań